乙肝小三阳，大学入学体检是肯定会查出来的，有一些专业是不能报考的。教育部有规定
乙型肝炎表面抗原携带者不能录取的专业：学前教育、航海技术、飞行技术等。专科专业：面点工艺、西餐工艺、烹饪与营养、烹饪工艺、食品科学与工程等。
大学新生体检项目包括血压、心率，身高、体重等；内科项目有心、肺的听诊、肝、脾及腹部的触诊；外科检查有皮肤，脊柱、四肢、及肛诊等；五官科检查有视力，听力，口腔及咽喉和鼻等的检查；化验项目有血、尿、粪的常规检查，肝功能，乙肝两对半等的检查了；放射一般做胸片等的检查。大学一般的体栓项目有测身高 体重 血液检查，透视 B超 心电图等常规的检查，不会安排妇科透视检查，B超一般也是检查肝 脾 肾等重要脏器。如果B超查盆腔，会看到避孕环的。
建议你注意休息，放松心情，具体项目需要和做体检的医院咨询，特殊化验检查
一般考生不作特殊化验检查，如果疑有血液系统疾病、代谢性疾病、内分泌系统疾病、风湿性疾病等，应做相应的化验检查，以资鉴别。大学入学体检注意事项
一、体检请先预约安排；体检前一天忌酒，限高脂高蛋白饮食，避免使用对肝肾功能有影响的药物。
二、检查前三-五日饮食宜清淡，勿食猪肝、猪血等含血性之食物，检查前一日晚上十二点以后， 请完全禁食（包括饮水）。
三、抽血及肝、胆B超须空腹进行；做膀胱、前列腺、子宫、附件B超时，请勿排尿；如无尿，需饮水 至膀胱充盈。
四、做X线检查时，宜穿棉布内衣，勿穿带有金属钮扣的衣服、文胸；请摘去项链、手机、钢笔、钥匙 等金属物品。怀孕及有可能怀孕之女性受检者，请先告知健检服务人员，慎做X光检查。
体检可以查出艾滋病，但是有前提，不是窗口期，窗口期就是认为患者在感染艾滋病，感染HIV以后再到机体出现抗体的时间称为窗口期。窗口期认为是4-8周，也有的书上说是5周左右，时间长短只能是个大概，没有很精确的。有的书上4-8周，有的书上是5周左右，容易出现抗体，临床上可以做检查抽血化验，查HIV抗体检测，注意不是抗原，一定是抗体检测。如果在窗口期以前，还没有过窗口期，体检的时候查不到，就化验不出来，相对的情况下，间隔几个月左右，再查就基本上可以排除了。最长时间都是2个月，4-8周，过了窗口期绝对的大部分98%以上还是应该查到，可以检查出来。