日本最好的大学有东京大学，早稻田大学，庆应义塾大学，北海道大学。
1、早稻田大学
这所大学大概很多人都听说过，这是日本最有名的私立大学，日本的很多首相都毕业于此大学，据说同学会的时候，满场的社会名流，国会议员，元首相直接面对面，相当强悍的学校。
2、庆应义塾大学
日本历史最悠久的私立综合性高等教育机构，又一所名牌私立大学，类比学校，英国牛津大学。文科和理工科实力平均，生物，政治，商等专业水平极高。值得一提的是，日本首相小泉纯一郎（亲美派）就毕业于该校的经济系。
3、北海道大学
日本首座具有授予学士学位资格的一流高等学府。根据2018年QS世界大学排名，北海道大学位列世界第122名，亚洲第31名，其化学、工程学、农学、林学等学科均位列世界前100。2010年，北海道大学工学部教授铃木章荣获诺贝尔化学奖。
4、东京大学
一所世界名牌大学，排名前十五。类比学校，哈佛大学。但是文科相对较弱，不像哈佛文理都很强。东京大学的理科和工科在世界上处于领先地位，与哈佛，麻省不相上下（英国剑桥靠边站），物理和化学世界排名第一，工学基本都排在3到1的位置
蔚蓝老师解答：推荐一下日本知名大学优势专业
东京大学和京都大学
日本大学排名第一和第二，都是不错的综合性国立大学，学校专业也基本都不错。
东北大学
医学、工学、理学闻名。鲁迅曾经在仙台一所专科学校学医，而这所专科学校后来就并入东北大学，成为现在的东北大学医学部。中国著名数学家苏步青毕业于该校的数学系。
大阪大学
大阪大学理工学、医工学专业，文科申请有的需要赴日面试。
庆应义塾大学
日本知名私立大学，文科和理工科实力平均，生物、政治、商学等专业水平极高。值得一提的是，日本首相小泉纯一郎就毕业于该校的经济系，而日本前女外相田中真纪子也毕业于该校。
早稻田大学
是日本最有名的私立大学，日本的很多首相都毕业于此大学。早大的建筑、法政经都是不错的。
东京医科齿科大学
日本的医学实力极强，而这所大学在医学类排名第一。
一桥大学
日本文科排名第一，没有理工科专业，以商学研究闻名。喻为“亚洲的哈佛”可见其实力。
东京工业大学
东京工业大学是以理工科著称的学校，这所大学可以类比与美国的麻省理工，其实力可见一斑。
仅供参考。希望有帮助。